Er imitiert den etagenartigen Aufbau eines natürlichen Waldes – mit Baum-, Strauch- und Krautschicht – und gilt als Königsdisziplin der Permakultur. Entsprechend der verschiedenen Mikroklimata und Standortansprüche werden dauerhafte Pflanzengesellschaften aufgebaut und natürliche Kreisläufe genutzt. Ziel ist ein weitgehend sich selbst erhaltendes System, das sich durch optimale Raumnutzung, Artenvielfalt und guten Ertrag auszeichnet.
Der Boden des Waldgartens ist humos und kann Feuchtigkeit und Nährstoffe gut speichern. Ein permanenter Bewuchs – die sogenannte Lebendmulchdecke – schützt vor Erosion, hält das Bodenleben fit und reduziert den Nährstoffverbrauch der Pflanzen; nicht bewachsene Stellen werden gemulcht, beispielsweise mit biologischem Rindenkompost. Nährstoffe werden zudem in Form von Gründüngungen zugeführt. Schwerpunktmässig gedeihen im Waldgarten mehrjährige Pflanzen, dazu kommen schwachzehrende einjährige Gemüse und Blumen. Auch Tiere lassen sich in die Kreisläufe integrieren, beispielsweise Schafe oder Hühner, die Futter verwerten, den Boden düngen und Nahrung liefern.